ＢＥＰＳ（ベップス）という言葉を聞いたことがあるかもしれませんが、国際税務の世界では、多国間での課税問題をＯＥＣＤで議論しています。今はデジタル経済の問題に取り組んでいますが、ＩＴに法制度が全然追いつけていない印象です。
ところで、ＯＥＣＤでは２国間での租税条約を締結するにあたり、モデル条約といって雛型を提供しています。ＯＥＣＤモデル租税条約１３条では、一般的な株式のキャピタルゲインを居住地国課税として定めているため、多くの国の租税条約が源泉地国免税になっています。
例えて言えば、海外の居住者（日本の非居住者）が、日本国内の株式を譲渡して利益がでたとしても、租税条約により源泉地国（この場合は日本）で免税と条約が締結されていれば、日本の税法より租税条約が優先されるため、日本で課税されることはありません。非居住者に対する国内源泉所得は国内法の規定ですから、租税条約に免税条項があればそちらが優先されるわけです。
仮に租税条約で源泉地国免税の条項がなければ、例えば税制適格ストックオプションを行使した非居住者が株式を譲渡した場合には、譲渡所得（給与相当分は日本勤務対応分）について申告分離で確定申告が必要になります。もちろん、国内源泉所得に該当しない株式の譲渡であれば申告は不要です。
また、税制非適格ストックオプションを行使した居住者で、権利付与時から権利行使時の間に非居住者の期間があった場合には、給与所得は居住期間に応じ案分されますが、この時の給与所得の取り扱いに際しても、租税条約の検討が必要なケースが発生します。
ちなみに租税条約は、例外規定や特典条項、交換公文（議定書）も要チェックです。
個人の株式の譲渡は、資産税というカテゴリーに含まれますが、有価証券税制は非常に複雑で、海外取引が絡むと租税条約の適用まで考慮する必要があり、さらに複雑となります。相続税対策において海外居住者がいる場合には、生前の株式譲渡や贈与について多面的な検討が重要です。
参考：国税庁HP「非居住者である役員が税制適格ストックオプションを行使して取得した株式を譲渡した場合」
参考：国税不服審判所HP「本件みなし譲渡益のうち本件権利行使益について、日本国で課税を受けるか否か」